
W 1978 roku została brutalnie zamordowana jego partnerka, matka dziecka Harolda. Zbrodni dokonał niejaki Crawley, który został wkrótce zwolniony po tym, jak zdecydował się zostać świadkiem koronnym. Po zwolnieniu słyszano, jak przechwalał się w barze, że zamierza zabić również dziecko Harolda i drugie dziecko, które zeznawały przeciw niemu. Po kilku dniach Crawley został zastrzelony przez zamaskowanego sprawcę, który nie został ujęty. Harold został naturalnie podejrzanym i w wyniku procesu skazanym na dożywocie i 50 lat więzienia. Thopson nigdy nie przyznał się do zarzucanego mu czynu, twierdząc, że został ukartowany by zdławić jego działalność. W więzieniu napisał wiele tekstów na temat walki z systemem penitencjarnym, państwem i różnych płaszczyznach anarchistycznego oporu. W Polsce zbiór tekstów Thompsona wydał Inny Świat pod tytułem "Więzień AmeryKKKi. Publikacje zebrane".
